وی در ۲۳ خرداد ماه سال ۱۳۶۷ در منطقه عملیاتی بیت المقدس ۷ به فیض عظیم شهادت نائل آمد.

فرازی از وصیت‌نامه شهید «ایرج ظفری»:

بسم رب الشهدا و الصديقين

من خون و جان ناقابل خویش را برای ادای واجب حق و فریضه دفاع از مسلمانان آماده نموده‌ام و در انتظار فوز عظیم شهادتم. امام خمینی (ره)

به نام آنکس که جهان را زینتی دوباره بخشید با خلق کردن انسان‌ها

خدایا چه بگویم، چه بنویسم. بد بودیم ما را خوب جلوه دادی، جبهه‌رو نبودیم ما را جبهه‌رو کردی، کار بلد نبودیم کار را نشانمان دادی، ائمه را خوب درک نکردیم ما را به راهشان هدایت کردی و خلاصه مرده‌ای بیش نبودم پژمرده در زمین بودیم، اما ما را آزاد کردی و به حرکتمان درآوردی.

 پس خدایا تو را به عزیزترین مقربان درگاهت، گنهکاریم، گناه ما را ببخش، لیاقت محشور شدن با مقربانت را نداریم، این را به عنایت نگاه کن، در گذشته غفلت‌ها انجام دادیم و وظایف حال را خوب انجام نمی‌دهیم.

خدایا از ما درگذر و ما را ببخشا. ریاکار و متظاهر بودم دستمان بگیر شستشویمان کن تا راهمان دهند در مکان رضا و تسلیم.

خدایا دلهایمان را جلی ده تا نور حقیقت را دریابیم.

خدایا قدرتی ده تا رسالت را تا آخر ببریم، خدایا شرایط پذیرفته شدن را نداریم به لطف و کرمت ما را بپذیر و خوف از روبرویی با دشمن را از ما بگیر و شهامت و شجاعت را جایگزین آن بگردان، و هزاران اعتراف دیگر در ضعیفی، خودت عنایت کن، کرامت فرما .

دوستان، آشنایان و اقوام مرا حلال کنند، دست از امام برندارند جبهه را تقویت کنید ، خانواده من نمی گویم گریه نکنید ، اما دشمن را شاد نکنید. من نمی گویم ناراحت نشوید ولی خدا را فراموش نکنید ومصيبات اهلبیت (ع) را از یاد نبرید.

همه می‌دانند فرزند، برادر، همسر خوبی برای شما نبودم ولی شما همه خوب بودید برایم، پس هم مرا حلال کنید و هم ببخشید و همه باید در راه خدا فدا بشویم و عاشق در راه خدا باشیم و کارهایمان درجهت کسب رضای خدا باشد.

در آخر از شما عزیزانم می‌خواهم دست از حمایت از ولایت فقیه و امام بر ندارید و جبهه را تقویت کنید.

خداوند در آخرت ما را هم با شهدا محشور گرداند.

والسلام

شب عملیات ۶۷/۲/۲۲

ایرج ظفری